삼자교회는 삼자회와 기독교협회로 구성되어 있다. 삼자회는 1950년 중국 공산당이 설립한 애국 종교 조직이며, 그 기능은 정부에 협력하여 종교 정책을 수행하는 데 있다. 중국기독교협회(약칭 基協)는 1980년에 중국 공산당에 의해 조직된 삼자회의 자매 조직으로서 중국 기독교회의 교무 업무를 처리하게 했다. 삼자회와 기협을 양회(兩會)라고 한다. 양회는 통전부와 종교사무국의 지도를 받으며, 그 업무 목적은 당의 총노선을 따르도록 성도들을 교육하고 지도하며, 종교계에 대한 당의 지시를 전달하는 것이다.
삼자교회는 합법적 종교 활동인 주일 예배, 신학 교육, 삼자교회 내에서 성경과 종교 서적을 발행하는 것, 해외교회와의 합법적인 교류 등을 할 수 있다. 이러한 사역을 통하여 중국에서 복음을 전하는 역할을 일부 감당하고 있다.
삼자교회의 강령은 애국이며, 애교는 장식용일 뿐이다. 애국은 교회의 지도권을 정부에 넘긴 것이다. 그래서 당이 교회의 모든 것을 지도하고 개조한다. 당과 정부의 삼자교회에 대한 통제는 직접적인 지도와 간접적인 내부 대리인에 의해 이루어진다.
직접적인 지도는 중앙에서 현급까지 당의 각급 통전 부서, 정부의 각급 종교사무 부서 및 각급 공안 부서가 협력해서 행한다. 이들 세 부서는 당정 내부의 동의를 거쳐 인물을 물색하여 내부적으로 확정한 후 민주 선거 형식을 거쳐 최종적으로 정식 비준을 한다. 이런 몇 개의 채널을 통해 삼자회와 기협의 지도자 인선과 교역자, 장로, 집사 등 사무 인원이 정해지고 알려진다. 또한 이 세 부서는 교회 지도자, 교역자와 기타 인원의 확정, 변동에 대한 선택과 비준을 할 뿐 아니라 설교 내용, 활동 내용, 성직 안수와 장립, 교류 활동의 심사, 비준을 관리할 권한을 갖고 있다. 교회 내부의 여러 상황에 대해서는 책임자가 반드시 정기 및 수시로 관련 부서에 보고해야 한다.
그들은 당과 정부의 관련 부서 관원들이므로 교회 내부 상황에 때때로 익숙하지 못하며 거의 문외한이기에 한 방면으로 직접적으로 관리하기가 어렵다. 그래서 반드시 각급(전국, 성, 시. 현 등) 양회 지도자 가운데 당과 정부가 교회 내부에 대리인을 배정해 놓는다. 당과 정부에 충성하며 당의 신임을 받고, 교회 사무에도 익숙하며 교회에서 비교적 큰 영향력을 발휘하고 명망이 있으며 적극적이고 유능한 사람을 대리인으로 삼는다. 이들이 당의 의도대로 교회에 대한 지도와 관리를 구체적으로 집행한다. 이들이 불가능하거나 부족한 당정 기관의 직접적인 지도의 결여를 보충해 준다. 이런 당과 정부의 대리인은 성직의 유무를 불문하고 모두 교회의 지도층 중에 실권을 가진 인물이자 중심 인물이다.
